K myšlienkam reformácie sa hlásili mnohí obyvatelia mesta Trnavy už za necelých 30 rokov od datovania začiatku reformácie (31.10.1517). Napriek nepriazni cirkevných predstaviteľov ( arcibiskupa Mikuláša Oláha) počet evanjelikov postupne narastal. Už v roku 1564 pôsobili v Trnave evanjelickí kazatelia - Peter Bornemisza a Gál Huszár. Oficiálny vznik cirkevného zboru je datovaný do roku 1576, do dnešného dňa pôsobilo v Trnave 34 zborových farárov.
 
 Počet stúpencov učenia Martina Luthera postupne narastal, až bol vytvorený dvojrečový slovensko-nemecký cirkevný zbor. V období rokov 1605-1671 protestantom postupne patril súčasný kostol Sv. Mikuláša, až si postavili na Františkánskej ulici nový kostol s vežou a zvonmi. Vedľa neho postavili aj faru a školu. V období stavovských povstaní v rokoch 1671-1707 im bol kostol viackrát odobratý a vrátený, až o kostol definitívne prišli v r. 1707 (1709 - rôzne pramene vravia inak), keď ho museli odovzdať mestskej rade. Mestská rada ho dala nakoniec opustený zbúrať v r. 1730. K týmto, pre evanjelikov smutným rokom protireformácie, sa viaže aj obdobie prechodného zániku cirkevného zboru.  
 
Až na základe tolerančného patentu Jozefa II., ktorý bol vydaný 25.10.1781, sa mohli evanjelici v Trnave slobodnejšie stretávať, raz ročne vykonávali evanjelické služby Božie s Večerou Pánovou. Cirkevný zbor sa podarilo obnoviť až v roku 1804 farárom Jánom Vikidenským. Na bohoslužobné účely slúžila evanjelikom miestnosť v mestskej invalidovni – v budove bývalých kasární na Hornopotočnej ulici. Evanjelici tieto priestory užívali 137 rokov až do doby, keď bol postavený súčasný chrám Boží. Základný kameň kostola bol položený dňa 8.9.1923 a už za 13 mesiacov dňa 26.9.1924 mohli vtedajší biskupi Jur Janoška a Samuel Zoch vykonažť slávnostné posvätenie chrámu Božieho pred približne 6 000 veriacimi.
 
Evanjelický a. v. kostol je postavený podľa projektu architekta Jozefa Marka – je amfiteátrovo usporiadaný, trojloďový, z každej strany je jedna veža. V centrálnej veži je 5 súzvučných zvonov, ktoré sú dielom známeho trnavského zvonolejára Adolfa Fishera. Zvonová hra sa Trnavčanom ozýva dodnes.
 
Počas druhej svetovej vojny cirkevný zbor prijal množstvo spoluobčanov židovského pôvodu, aby ich tak ochránil pred prenasledovaním. Po druhej svetovej vojne bol počet členov cirkevného zboru pozitívne ovplyvnený prisťahovaleckou vlnou presídlencov z Maďarska, Bulharska, Juhoslávie a Rumunska ale i prisťahovaním obyvateľov z Hlohovca a Myjavy.
 
Cirkevný zbor v súčasnosti tvorí matkocirkev Trnava a dcérocirkev Sereď.